A Fênix Educação conta com uma metodologia própria de ensino em que cada aula é planejada para que o aluno se aproprie dos conhecimentos e se qualifique com aprendizagens significativas, ou seja, que lhes façam sentido e possam ser colocadas em prática não apenas no momento da aula, mas também posteriormente. Em sua estrutura, os cursos à distância ainda contam com uma Trilha de Aprendizagem, elaborada de acordo com as temáticas dos conteúdos propostos e com recursos audiovisuais e pedagógicos para auxiliar o aluno na construção do novo conhecimento.